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蛋白质凝胶色谱介质是一些表面亲水性的多孔微球，主要是使用无配基的交联琼脂糖、葡聚糖基质介质；其他如改性大孔硅胶基质、改性大孔有机聚合物基质一般用于分析。理想的凝胶色谱基质在与样品接触部分不应有离子基团，尽可能少的疏水基团。
大家知道，凝胶色谱分离机理是分子量大的能进入胶的大孔，进入浅，流出快；分子小的进入胶的大孔和较小的孔，进入深，流出慢。
选择凝胶色谱介质要特别注意其排阻极限。下面为琼脂糖、葡聚糖基质凝胶色谱介质品种及性能表。
| 微球品种 | 排阻极限 | 耐压 MPa | 应用 | 生产公司 |
| 琼脂糖 4B/CL4B/4FF | 6 万 ~2000 万 | 0.008/0.012/0.15 | 大分子 | 西安恒成 |
| 琼脂糖 6B/CL6B/6FF | 1 万 ~400 万 | 0.02/0.03/0.3 | 大分子 | 西安恒成 |
| 葡聚糖 25 | 1000~5000 | 0 ． 15 | 脱盐，肽 | 西安恒成 |
| 葡聚糖 50 | 1000~30000 | 0 ． 15 | 脱盐，肽，分子量测定 | 西安恒成 |
| 葡聚糖 75 | 3000~80000 | 0 ． 15 | 小分子量蛋白质分离，分子量测定 | 西安恒成 |
| Sephacryl s-100 | 10 3~10 5 | 0.2 | 肽 , 小蛋白 | 西安恒成 |
| Sephacryl s-200 | 5 × 10 3~2.5 × 10 5 | 0.2 | 蛋白质 | 西安恒成 |
| Sephacryl s-300 | 10 4~1.5 × 10 6 | 0.2 | 蛋白质 | 西安恒成 |
凝胶色谱上样量较小；分辨率较差，分开的球形蛋白质分子量差异至少要在 30% 以上。
多糖基质的凝胶色谱介质表面会有微量的羧基，流动相中要加少量盐抑制离子交换作用。凝胶色谱常用在分离工艺的末尾。
