bwa和samtools的安装_生物软件圈_商圈

bwa和samtools的安装

楼主收藏举报帖子创建时间: 2018-03-06 00:00 回复：5 关注量：193

BWA的安装
1.下载BWA
wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./
2.解压
tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2
3.编译
cd bwa-0.5.9rc1 make

Samtool安裝
1.下载Samtool
wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.13/samtools-0.1.13.tar.bz2/download ./
2.解压Samtool
tar jxvf samtools-0.1.13.tar.bz2
3.安装
cd samtools-0.1.13 make
之外Samtool还有一些脚本程序在misc这个文件夹里面

最后将bwa和samtools的工作目录加入PATH
cd vi .bash_profile
在export PATH之前加入 PATH=$PATH:bwa的绝对路径:samtool的绝对路径，保存退出。

重新打开Shell事就可以直接使用bwa和Samtool了

祝你好运！

***另外，samtools现在的版本好像不需要自己make 1970-01-01 08:00
#1
***2ybzhao 1970-01-01 08:00
#2

bwa 和samtools是两个软件，安装是相互独立的。最新的版本我没用过，我用到的版本samtools-0.1.17 还是需要make编译的。
***1pwh 2015-04-02 00:05
#3

cd samtools-0.1.13输入这个指令后 No such file or directory怎么办
***1ybzhao 1970-01-01 08:00
#4

test
***来自外部的引用： 1BreakDancer的安装与使用 1970-01-01 08:00
#5

***2ybzhao 帖子创建时间: 1970-01-01 08:00

bwa 和samtools是两个软件，安装是相互独立的。最新的版本我没用过，我用到的版本samtools-0.1.17 还是需要make编译的。

BWA的安装
1.下载BWA
wget http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.5.9rc1.tar.bz2/download ./
2.解压
tar jxvf bwa-0.5.9rc1.tar.bz2
3.编译
cd bwa-0.5.9rc1 make